Народився 8 квітня 1960 року у родині службовців.
У 1975 році вступив до Херсонського морехідного училища рибної промисловості за спеціальністю «експлуатація суднових силових установок», яке закінчив у 1979 році, набувши освіту техніка-суднового механіка.
У 1979 році отримав призначення на роботу до Владивостокської бази тралового та рефрижераторного флоту, де працював на посаді механіка судна до 1982 року.
3 1982 по 1991 рік працював на Херсонському консервному комбінаті на посаді механіка судна цеху водного транспорту.
В 1984 році вступив до Херсонського індустріального інституту.
В 1990 році закінчив Севастопольський приладобудівний інститут за спеціальністю «експлуатація суднових силових установок», набувши освіту інженера-судномеханіка.
З 1991 року – механік флоту Спілки риболовецьких колгоспів Херсонської області.
З 1993 року до травня 2006 року працював керівником приватного підприємства.
3 червня 2006 року — заступник голови Дніпровської районної ради у м. Херсоні.
Депутат Херсонської міської ради V (2006–2010) та VI (з 2010) скликань від ВО “Батьківщина”.
З початком Революції гідності був активним учасником херсонського Євромайдану.
У травні 2014 року, на позачергових виборах до місцевих рад, був обраний міським головою Херсона.
Наприкінці серпня 2015 року, коли до лав “Батьківщини” взяли проросійського політика Владислава Мангера, який був відомий своїми зв’язками із відверто проросійськи налаштованими особами на кшталт Олексія Журавка, Миколаєнко, разом із соратниками (серед яких була і Катерина Гандзюк), покинув партію “Батьківщина”.
На чергових виборах до місцевих рад у 2015 році, обійшовши свого конкурента Владислава Мангера, голоси якому віддав ще один кандидат в мери Володимир Сальдо, отримав перемогу.
Миколаєнко став першим міським головою, якому вдалося відійти від постачання води за графіком, зробивши його цілодобовим. Також за його каденції розпочали масштабні ремонти ліфтового обладнання у місті.
Мав неодноразові сутички із уже мертвим колаборантом Кирилом Стремоусовим, який, за наявною у нас інформацією, був проплаченим тодішнім секретарем міської ради Оленою Урсуленко.
На посаді перебував до листопада 2020 року, коли на чергових виборах Миколаєнка змінив Ігор Колихаєв.
У місцевих виборах 2020 року участі не брав.
Із початком російської окупації Херсона у березні 2022 року долучився до лав територіальної оборони.
Отримував пропозиції до співпраці безпосередньо від Стремоусова, але не пристав на них, після чого пропозиції змінилися погрозами.
У середині квітня 2022 року Володимира Миколаєнка викрали. Перший час він перебував у Херсоні – про це свідчили відео пропагандистського характеру, в яких “брав участь” ексмер.
Володимир Миколаєнко сказав, що Шухевич воював за Україну (а не за нацистських загарбників, як сказав пропагандист) і є героєм, якщо вже держава наділила його таким званням.
Після цього, скоріше за все, його вивезли до Криму, або до Росії.
До кінця листопада 2022 року про йогу долю нічого не було відомо.
Лише тоді, майже через 7 місяців перебування у полоні, із документів МКЧХ, стало зрозуміло, що Миколаєнко знаходиться на території Росії.
