Народився 4 січня 1944 року в Улянівці на Херсонщині.
У 1961 році закінчив школу в Скадовську.
У 1966 році закінчив сучасний Херсонський державний університет.
У 1966 – 1970 роках викладав фізику в сучасній Мирненській громаді Херсонщини.
У 1970 – 1973 роках Микола Бабенко працював у Алжирі.
У 1973 – 1975 роках працював у школі № 20 в Херсоні.
У 1975 – 1978 роках працював у Центральноафриканській Республіці.
У 1978 – 1982 рока знову працював у школі № 20.
У 1982 – 1983 роках працював у школі № 30 в Херсоні.
У 1983 – 1986 роках працював у Малі та ЦАР.
У 1986 – 1989 роках працював у сучасному Херсонському морському коледжі.
У 1989 очолив сучасний Херсонський фізико-технічний ліцей.
У 1993 році отримав знак “Відмінник освіти України”.
У 2003 році отримав звання “Заслужений вчитель України”.
У 2007 році став кандидатом технічних наук та отримав премію Верховної Ради України педагогічним працівникам.
У 2009 році став почесним громадянином Херсона.
У 2010 році Микола Бабенко обрався до Херсонської міської ради від “Партії Регіонів”. Був членом комісії з питань освіти, культури, туризму, спорту та у справах молоді.
У 2013 році виступив проти Євромайдану.
У 2015 році балотувався до Херсонської міської ради від Блока Петра Порошенка.
У 2016 році Бабенко виступав проти заборони поборів з батьків вихованців навчальних закладів під виглядом “благодійних внесків”.
У 2022 році виїхав із росіянами на лівий берег.
