У 1981 році закінчив середню школу.
19 серпня 1985 року в Свято-Троїцькому кафедральному соборі м. Луцька архієпископом Волинським і Ровенським Даміаном був рукоположений в сан диякона і призначений в Михайлівський храм с. Здовбиця Здолбунівського району Рівенської області.
22 лютого 1987 року в Свято-Троїцькому кафедральному соборі м. Луцька єпископом Волинським і Ровенським Варлаамом рукоположений в сан священика і призначений настоятелем Варваринського храму с. Шпанів Рівненського району Рівненської області.
В липні 1987 року переведений в Київську єпархію і призначений настоятелем Преображенського храму с. Трушівці Чигиринського району Черкаської області.
З червня 1991 по 1992 рік знаходився в Українській Автокефальній Православній Церкві.
1992 року закінчив Львівську духовну семінарію и перейшов до новоствореної Української Православної Церкви Київського Патріархату, де у вересні 1992 року був хіротонізований в єпископа Хмельницького і Кам’янець-Подільського, а вже у листопаді того ж року переміщений на Чернігівсько-Сумську катедру, а з 14 червня 1993 року служив як єпископ Яготинський, вікарії Київської єпархії.
14 грудня 1993 року разом з кількома іншими архієреями УПЦ КП він написав звернення до митрополита Київського і всієї України Володимира (Сабодана) з проханням переходу в УПЦ МП.
29 грудня 1993 року на Архієрейському Соборі УПЦМП приніс покаяння і був прийнятий у лоно Української православної церкви МП у сані священика.
30 грудня 1993 року в Києво-Печерській Лаврі прийняв чернечий постриг з ім’ям Іоанн, на честь апостола Іоанна Богослова.
7 січня 1994 року митрополитом Київським і всієї України Володимиром возведений в сан ігумена,
2 серпня 1994 року — в сан архімандрита та призначений секретарем Київської єпархії.
У 1996 році закінчив Київську духовну академію.
13 грудня 1996 року в Трапезному храмі Києво-Печерської Лаври був хіротонісаний в єпископа Переяслав-Хмельницького і призначений вікарієм Київської Митрополії РПЦвУ.
26 липня 2000 року призначений єпископом Хустським і Виноградівським.
28 липня 2004 року возведений у сан архієпископа.
22 листопада 2006 року призначений архієпископом Херсонським і Таврійським.
8 травня 2008 року призначений Головою Синодальної комісії по канонізації святих РПЦвУ.
11 листопада 2008 року призначений архієпископом Сумським і Охтирським.
17 листопада 2008 року знову призначений архієпископом Херсонським і Таврійським.
З 9 липня по 9 вересня 2009 року — тимчасово керуючий Джанкойською єпархією.
17 серпня 2015 року возведений в сан митрополита.
У 2020 році стало відомо про існування у Іоанна квартири у Києві і позашляховика.
Влітку 2022 року таємно виїхав з Херсону на Закарпаття.
Влітку 2023 року стало відомо, що вивозив майно з Херсонщини.
Наразі помічений в Одесі.
